À gauche de l’autel principal, le transept nord comporte également trois chapelles. Dans deux d’entre elles, vous pouvez apercevoir des vestiges de peintures datant du XIIe siècle, ne comportant aucune figuration humaine, ainsi que le voulait la Règle.
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La dernière chapelle abrite un enfeu, ou niche funéraire, dans lequel se trouve la pierre tombale d’Yves Tronson, dernier abbé régulier de Clairmont, décédé au début du XVIème siècle.
Sous les dalles du transept, se trouve la tombe des deux Demoiselles, décédées en 1979 et 2006. Ce sont les deux seules femmes enterrées à l’abbaye.
En face, une porte en plein cintre, appelée « porte des morts », était empruntée lors de la sépulture des moines pour les mener en terre. Ceux-ci étaient enterrés en plein terre, sans cercueil ni linceul, revêtus de leurs seuls habits monastiques.